Тяжелое положение молодого государства еще более осложнилось последствиями проведенного английскими колонизаторами раздела бывшей колонии и их политики разжигания вражды между индусами и мусульманами. В результате в Индии и Пакистане происходили кровавые религиозные столкновения, сопровождавшиеся большими человеческими жертвами и значительным материальным ущербом.

Результатом этого явилась острейшая проблема беженцев, миллионы людей, бросив все свое имущество, бежали из Индии в Пакистан и наоборот. Расселение и трудоустройство этих обездоленных в Пакистане (а их число в первые годы превышало 7 млн. человек) сразу же превратилось в труднейшую проблему молодого государства. "Это проблема колоссальной важности, - указывал М. А. Джинна, - успешное решение которой требует концентрированных усилий правительства и народа". Он взывал к чувству человеколюбия соотечественников, призывал их делать добровольные пожертвования, взносы, основал фонд помощи беженцам. Однако он подчеркивал, что таким образом можно лишь ослабить остроту проблемы, но не решить ее. Подлинное решение проблемы беженцев - в их участии в общественном труде, что обеспечит им существование и обусловит столь необходимое для них чувство самоутверждения. Но для этого необходимо развитие экономики, и прежде всего индустриализация страны.

Таким образом, решение проблемы беженцев оказалось в тесной связи с решением основных социально-экономических проблем государства (и наиболее острой из них - занятости), которые по-прежнему чрезвычайно остро стоят в Пакистане. Кроме того, до сих пор сохраняются сложности, связанные с различиями культуры, традиций, языка между местным населением и приехавшими из Индии. Наиболее яркое свидетельство этому - так называемые языковые волнения в Синде в 1972 г. в связи с попытками ввести в провинции в качестве официального языка синдхи, тогда как большинство беженцев говорят на урду.